調解機制是否可引入行政訴訟替代糾紛解決機制一直都有很大的爭議，盡管行政訴訟中引入調解呼聲不斷，但是公法學家對于調解機制是否有悖于公權力不可處分的特性始終存有質疑。2015年5月1日正式實施的《行政訴訟法》明確規定部分行政案件可適用調解，行政機關將面臨如何更好地參與調解活動、有效解決行政糾紛得以充分有效解決的重要課題。
一、新《行政訴訟法》引入調解制度對行政機關的意義。
行政訴訟引入調解制度，目的在于為原告帶來更好的體驗，即以更好的途徑獲得公正。誠如有學者言：“事實上，允許調解未必損害原告利益或者公共利益，不允許調解也不見得能夠保護原告利益和公共利益。”就當前行政訴訟的現狀來看，要想更好地處理行政案件中雙方主體的利益沖突、化解社會矛盾糾紛，必須建立行政訴訟調解制度。在審判實踐中，行政機關與行政相對人之間的矛盾沖突經常出現，而行政審判作為解決好這種沖突的最權威的一種方式，很多時候僅僅做出正確的判決，是很難達到案結事了的目的的。相比之下，調解會更有效。調解是解決行政訴訟中原、被告之間矛盾沖突、平衡好各方面利益沖突的最好途徑。
（二）給予行政機關重新思考選擇行政決定作出的方式。
調解成功的條件部分取決于行政訴訟中原、被告雙方之間對彼此的態度，以及雙方展開對話的意愿。行政訴訟中引入調解機制能夠促使行政機關在決策過程開始關注與行政相對人及早進行溝通，并充分聽取行政相對人的陳述。調解機制有助于促進雙方及早交換觀點并鼓勵行政機關采取靈活的態度，行政機關在作出最終決定之前，能夠與行政相對人進行充分的溝通，除了對其作出更為合理的行政決定外，對于防止行政糾紛的發生也會有所助益。在行政訴訟中引入調解制度，也能夠促使行政機關重新思考以何種方式作出行政決定更為合理的機會和契機。
（三）緩解行政相對人因法律程序的繁復導致對行政機關的誤解。
通過訴訟途徑解決行政糾紛，法律程序繁復、耗時長、成本高、效果差，行政相對人容易產生對行政機關的誤解，認為行政機關易通過多方渠道操作案件的判決，且基于行政相對人對行政機關的不信任以及對法院的過度要求容易導致行政糾紛無法實際得到解決。若裁決結果未達到行政相對人所預期的效果，容易激化行政相對人對法院的不滿。因此，在行政訴訟糾紛解決機制中引入調解機制，使得行政相對人與行政機關在平等、自愿的基礎上進行對話，最大程度上縮短行政糾紛解決的時間，有助于緩解行政相對人因法律程序的繁復導致對行政的誤解。
執行難是行政訴訟所面臨的“老大難”問題，執行問題不僅僅存在于法院的判決、裁定中，今后亦可能成為推行調解制度的障礙。對于任何一種解決行政糾紛的方式，執行都是至關重要的。與行政判決、裁定相似，實際上，調解協議是否能夠得到有效的執行，很多程度上仍由行政機關的支持程度決定。雖然調解方案是經由行政機關同意后簽訂的，但如前所述，目前行政機關以何種方式確定調解方案更為有效仍有待實踐檢驗，因此，可能存在調解協議簽訂后確得不到行政機關負責人支持的尷尬局面。
（二）無法徹底解決行政訴訟應解決的程序和實體問題。
行政機關與行政相對人處于不平等的地位，行政訴訟的程序由書面制定，參與行政訴訟的各方當事人通過行政訴訟程序提出訴求、陳述事實、表達觀點，從而使得實體問題得到最終的解決。但是參加調解過程的當事人并未得到任何正式的解釋，法院對于案件沒有正式的說明，這也使得行政相對人無法通過訴訟途徑得到法院對案件的確定答案。實質性問題未得到正式的解釋，即代表行政相對人提起的行政訴訟問題未得到徹底解決，對于行政相對人而言，心理上可能也難以接受。
行政訴訟中引入調解制度，實質作用在于節約司法資源。如果無法一次性調解成功，甚至在多次調解后仍達不成協議的，這不僅對法院來說是司法資源的浪費，對于行政機關而言，亦是行政資源的浪費，無法達到法院、行政機關、行政相對人三方共贏的作用。當調解失敗轉入庭審程序階段，行政機關將面臨重新調整解決糾紛的方案，這也使得行政機關的資源重復疊加使用，造成資源的消耗，再者，調解失敗導致行政機關與行政相對人的關系破裂，也使得行政相關需要花費更多的資源修復緩解雙方的關系。
首先，建立行政訴訟調解方案的決策機制需要關注兩方面內容：第一，對于行政相對人提出的調解意向是否需要響應。通過庭審的程序更有利于解決行政糾紛并化解雙方的矛盾的，可選擇不進行調解。第二、如何確定調解方案底線即如何將行政相對人的訴訟請求或提出的調解方案與自由裁量權的幅度相協調，在合法性的基礎上，考慮合理性的問題。
再者，行政機關是否接受調解協議很大程度上是由行政機關負責人決定，但是行政機關負責人不可能每次均能參加到調解過程中來，當即確定調解方案。因此，行政機關應當建立并在實踐中逐步完善行政訴訟調解方案的決策機制，以提高調解的效率。針對行政機關負責人無法參加調解程序的情況，行政機關選派的代表人員應當對案件具有全面的了解，并且對于調解方案能有一個清晰的認識以提高調解效率，充分解決行政糾紛。
合法性是行政決策需要具備的要素之一。公法上對于行政調解制度的懷疑來來源于行政行為的不可處分性，公眾認為行政行為僅可分為合法與不合法，非白即是黑。“人們很難想象就行政行為的合法性進行公開的討價還價，并通過犧牲權利和自由或者對自由裁量權行使的妥協而達成一紙調解協議”。行政調解是借助法院作為第三方的力量使得原被告雙方找到解決糾紛的一種有效方式，行政機關不可為了提高行政效率，對所有調解范圍內的案件均采用調解的方式結案。仁義行政行為的作出均需經過嚴格的行政程序，保證決策的嚴謹。
行政調解方案，除了考慮合法性亦應考慮合理性問題。
“合意在大多數場合是在相互妥協的基礎上形成的，而妥協的公正性主要以當事人各方地位平等為前提”，在行政法律關系中，行政機關與行政相對人處于天然不平等的地位。行政訴訟中原被告雙方的矛盾更容易激化的原因，也在于行政相對人常處于劣勢地位導致其易產生對行政機關具體行政行為的抵觸情緒。調解的基礎在于雙方進行平等地對話溝通，行政機關參加調解活動時應當正確認識自身的地位，不可給處于劣勢地位的行政相對人施加不適當的壓力，導致行政相對人因其他外部因素不得不接受調解，使得行政相對人產生抵觸心理，影響調解效果。
行政訴訟中引入調解制度可謂是行政司法改革的第一步。如今，國際上對于公法與私法之間的界限已不再涇渭分明，甚至是有些模糊不清。調解也不再是僅僅是私法范疇內的特權，在公法領域引入私法解決糾紛的機制可謂是司法進步的一大步。當然，鑒于行政權的特殊性，行政訴訟的調解適用范圍也不可盲目擴大，應將其限制在嚴格的范圍內。
